Фамилия Лабутенко — яркий пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели с суффиксом -енко. Этот суффикс в украинской ономастике выполнял роль отчества или указания на принадлежность младшего к старшему: буквально «сын» или «потомок» человека, чьё имя или прозвище легло в основу. В данном случае основа — «Лабут(а)» или, вероятнее, «Лабуть».

Самая очевидная и правдоподобная версия связывает корень с диалектным украинским словом «лабута» — так в некоторых говорах называли неуклюжего, нерасторопного человека, увальня. Слово имеет экспрессивную, слегка пренебрежительную окраску. Прозвище Лабута мог получить медлительный или неловкий крестьянин. Со временем оно закрепилось за его детьми как фамилия: Лабутенко — сын Лабуты.

Менее вероятна, но возможна связь с польским «łabędź» (лебедь) — в украинской фонетической адаптации слово могло дать форму «Лабудь» или «Лабуть». Однако первая версия, с прозвищем от черты характера, встречается в ономастических источниках чаще и логичнее для крестьянской среды, где фамилии часто возникали из бытовых прозвищ.

Географически фамилия тяготеет к левобережной Украине (Черниговщина, Полтавщина, Сумщина) — классический ареал распространения фамилий на -енко. В России она встречается реже и часто является результатом миграций или украинизации фамилий при записи в документах.

Интересно, что фамилия не имеет отношения к знаменитому французскому обувщику Кристиану Лубутену — это случайное звуковое совпадение. Русская и украинская фамилия Лабутенко старше и совершенно другого происхождения.

Сословно носители фамилии, скорее всего, относились к казачеству или крестьянству. Дворянских родов Лабутенко в Российской империи не зафиксировано. Фамилия нередкая, но и не массовая; её носители встречаются среди людей самых разных профессий, от рабочих до учёных.