Фамилия Лабутова образована от прозвища Лабут. В основе лежит нарицательное «лабута», которое в разных говорах имело два основных значения. В большинстве русских диалектов лабутой называли неуклюжего или несообразительного человека — такое прозвище могло закрепиться за родоначальником из-за особенностей его характера или поведения. Однако в пермских говорах слово имело иное значение: лабута — это безобразная, грубая обувь, лапти, поршни, лапоть, подшитый шкуркой. Соответственно, прозвище Лабут мог получить и человек, который носил такую обувь или, возможно, занимался её изготовлением.

Суффикс -ов- в фамилии Лабутова указывает на типичную для русских фамилий модель образования от прозвища или имени, оканчивающегося на твёрдый согласный. Форма Лабутова — женский вариант фамилии, мужской — Лабутов. Словообразовательная модель проста: основа «лабут» + суффикс «-ов» + окончание, указывающее на принадлежность роду. Таким образом, фамилия буквально означает «потомок человека по прозвищу Лабут».

Обе версии происхождения — от черт характера и от вида обуви — имеют право на существование, и определить, какая из них реализовалась в конкретном роду, без генеалогических данных невозможно. В словарях русских фамилий, например в работах Б. Унбегауна, подобные прозвища, образованные от диалектных слов, встречаются нередко, и Лабутов — один из таких случаев, когда за бытовым прозвищем стоит либо внешняя характеристика, либо ремесленная принадлежность предка.