Фамилия Лаганина — одна из тех, где ясна модель образования, но основа вызывает вопросы. Построена она по типичной для русского севера и северо-востока модели: корень + суффикс -ин. Суффикс указывает на принадлежность: Лаганин — это «сын Лагани» или «человек из семьи Лагани». Женская форма Лаганина, таким образом, означает «дочь или жена Лаганина».

Сложность в основе «Лаган-». Самый вероятный путь — от прозвища или нецерковного имени Лаганя. В русских говорах слово «лагань» (или «лахань») означает большую деревянную миску, корыто, иногда — плоскую глиняную посуду. Человек мог получить такое прозвище по ремеслу (бондарь, делающий лахани) или по характеру (широкий, «разлапистый», либо, наоборот, неопрятный, неряшливый — по ассоциации с грязной посудой).

Менее распространённая, но лингвистически возможная версия — связь с календарным именем Елаган (производное от Елисей или Елеазар), где начальное «Е» в просторечии отпало. Однако для фамилии Лаганина эта гипотеза слабее: такая редукция встречается реже, чем образование от нарицательного слова.

Географически фамилия тяготеет к регионам бытования слова «лагань» — Вологодчина, Архангельская область, Урал, Сибирь. В этих местах её и фиксируют переписи, хотя массовой она никогда не была. Социальный состав носителей — почти всегда крестьяне или посадские люди, поскольку в дворянской среде фамилии на -ин образовывали реже от бытовых прозвищ.

В написании фамилии устойчива одна «н» в корне, что отличает её от гипотетической Лаганнина (от Лаганя с суффиксом -ин). Двойная «н» могла бы появиться, если бы основа кончалась на «н» (например, Лаганный), но здесь этого не произошло.