Фамилия Лапир — редкая и неочевидная по происхождению. Самая вероятная версия связывает её с географическим названием: польским городом Лапы (Łapy) в Подляском воеводстве, Белостокский повят. В таком случае прозвище Лапир давали человеку, который приехал оттуда или имел с тем местом прочную связь. Суффикс -ир в этой модели нетипичен для русских фамилий, что указывает на возможное влияние польской или белорусской языковой среды, где фамилии на -ир встречаются чаще, чем в великорусских говорах.

Альтернативная версия рассматривает Лапир как фонетический вариант фамилии Лапер. Здесь основа — прозвище Лапер, которое выводят из немецкого Lapp («полотно», «лоскут»). Если принять эту гипотезу, прозвище могло относиться к ремеслу: торговцу тканями, портному или человеку, носившему одежду из лоскутов. Фонетический переход «е» в «и» в безударной позиции — явление обычное для северо-западных русских говоров, что не противоречит региональной привязке фамилии.

Обе версии не исключают друг друга: фамилия могла возникнуть в разное время и в разных местах независимо. Однако топонимическая версия выглядит предпочтительнее, поскольку прямо объясняет нестандартный суффикс и даёт конкретную географическую привязку. Фамилия Лапир не фиксируется в массовых списках дворянских или купеческих родов — скорее всего, её носили крестьяне или мещане западных губерний Российской империи. Сравнение с однокоренными фамилиями (Лаптев, Лапшин, Лапунов) показывает, что Лапир стоит особняком: у неё нет типичного русского суффикса -ов/-ев или -ин, что дополнительно подтверждает её иноязычное или пограничное происхождение.