Фамилия Ларцина звучит редко, и её происхождение не лежит на поверхности — здесь нет очевидного «Ларь» или «Ларчик», хотя интуитивно хочется провести такую параллель. На деле корень, скорее всего, иной. Наиболее вероятная версия связывает фамилию с крестильным именем Иларион (в просторечии Ларион). В русской народной традиции имя часто усекали до формы Ларя, а от неё образовывали фамилии через суффикс -ин: Ларин, Ларионов, Ларькин. Ларцина — это, по всей видимости, вариант, где к основе «Лар-» добавился суффикс -ц- (характерный для уменьшительно-ласкательных или патронимических форм, как в фамилиях Купцов, Торговцев), а затем фамильный -ин. То есть Ларца — это уменьшительное от Ларя (Ларион), а Ларцины — потомки человека по прозвищу Ларца.

Менее распространённая, но допустимая версия отталкивается от греческого слова «ларнакс» — ящик, гроб, ковчег. В этом случае фамилия могла возникнуть как прозвище мастера, делавшего сундуки или лари, но с необычной огласовкой. Однако для русского уха такая основа звучит искусственно, и без письменных подтверждений (например, в переписных книгах XVII века) эта гипотеза уступает первой по правдоподобию.

Географически фамилия Ларцина встречается разрозненно, без выраженного «гнезда» — её носители есть и в центральных областях, и на юге России, что типично для фамилий, образованных от распространённого имени. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Ларцин, то есть сын или потомок Ларцы. По сословному происхождению это могли быть крестьяне или мещане — фамилии на -ин в массе своей бытовали в непривилегированных слоях, в отличие от дворянских на -ский.

Особенность фамилии в том, что она сохранила редкий переходный элемент: от полного имени Иларион к уменьшительному Ларца, а затем к фамилии. В этом смысле Ларцина стоит в одном ряду с такими же «ступенчатыми» фамилиями, как Купцов (от «купец» — уменьшительное от «купеческий сын»), но с той разницей, что в основе лежит не профессия, а личное имя. Если искать однокоренные фамилии, то ближе всех будет Ларин, а Ларцина — его более редкая и сложная по форме сестра.