Фамилия Латкун — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её основа не вписывается в типичные модели русских фамилий, образованных от крестильных имён или названий профессий. Скорее всего, перед нами прозвище, и ключ к нему — в географическом и языковом контексте.

Наиболее правдоподобная версия связывает фамилию с украинским или белорусским диалектным словом «латкун» — так называли заплатчика, человека, который ставит латки, чинит одежду или обувь. В основе лежит слово «латка» (заплатка). Фамилия могла закрепиться за портным или сапожником, который специализировался на починке, а не на шитье новых вещей. В таком случае суффикс -ун- характерен для прозвищ по действию (ср. бегун, крикун), что делает эту версию логичной с точки зрения словообразования.

Вторая, менее вероятная гипотеза — происхождение от личного имени или прозвища Латка, которое могло быть уменьшительной формой от редких крестильных имён (например, Владислав или Ипат). Однако в этом случае ожидалась бы фамилия Латков или Латкин. Форма на -ун (Латкун) указывает именно на деятеля, а не на отчество.

Суффикс -ун в русских фамилиях встречается нечасто, что сразу выделяет Латкун из ряда типовых фамилий. Такая модель распространена в западных и южных регионах — на Украине, в Белоруссии, в южнорусских областях. Это косвенно подтверждает, что предок носителя фамилии жил на стыке культур, где слово «латкун» было в ходу.

Фамилия не фиксируется в дворянских родословных книгах и не связана с известными историческими родами. Она остаётся фамилией простого человека — ремесленника, мастера, чьё занятие дало прозвище, ставшее родовым. Сословная принадлежность, скорее всего, была крестьянской или мещанской.