Фамилия Лайпан — редкий случай, когда за основу взято не славянское имя или прозвище, а тюркское слово. Чтобы понять её происхождение, нужно смотреть на юг России, в первую очередь на Карачаево-Черкесию.

Корень «лайпан» восходит к тюркскому «лайпа» — так в некоторых диалектах называли грязь, болотистую почву или топкое место. Скорее всего, фамилию дали человеку, который жил у болота или на сырой, низменной земле. В ономастике это типичная модель: географическое прозвище переходит в фамилию без дополнительных суффиксов, что характерно для многих кавказских и тюркских родов.

Встречается и другая версия: Лайпан могло быть личным именем-оберегом. У тюркских народов иногда давали детям «некрасивые» имена (вроде «Грязь» или «Плохой»), чтобы отвести сглаз и злых духов. Тогда фамилия пошла бы от такого имени, которое со временем забылось как личное, но закрепилось за родом.

Географически фамилия почти полностью привязана к Карачаю и черкесским аулам. В русских переписных книгах XVII–XVIII веков её нет, что подтверждает позднее оформление: фамилии у горских народов массово фиксировали в XIX веке, при интеграции в имперскую администрацию. Поэтому искать древнее дворянское происхождение здесь не стоит — это крестьянская или узденская (свободная, но не княжеская) фамилия.

Словообразовательно фамилия стоит особняком: в ней нет привычных русских суффиксов -ов, -ин или -ский. Это так называемая «голая» основа, характерная для фамилий кавказских народов. Если бы её русифицировали, получилось бы Лайпанов, но этого не произошло — носители сохранили исходную форму.