Оно является производной формой имени Леон, которое в переводе с греческого означает «лев». Имя Леоненя образовано при помощи украинско-белорусского уменьшительного суффикса –еня. Одним из покровителей данного имени является святой Леон Тавматург. Так в документах белорусского происхождения упоминаются Иван Григорьевич Леоненя, родившийся в 1895 году в деревне Семежево Краснослободского района БССР, Иван Срегеевич Леоненя, родившийся в 1901 году там же.