Фамилия Левоненя звучит необычно для русского уха, но её происхождение вполне прозрачно. Это типичная фамилия белорусского происхождения, образованная по патронимической модели с помощью суффикса -еня, который в белорусской ономастике играет ту же роль, что и русские -ов/-ев или -ин. Суффикс -еня — уменьшительно-ласкательный и одновременно «сыновий»: он присоединялся к имени отца и буквально означал «маленький Левон» или «сын Левона».

Основа фамилии — имя Левон, которое является народной формой канонического крестильного имени Леонтий. В белорусском языке произошла закономерная замена: греческое «Леонтий» (от «леон» — лев) превратилось в более простое и привычное «Левон», а уже от него пошли фамилии Левонович, Левоненко, Левончик и, конечно, Левоненя. Таким образом, предок носителя фамилии Левоненя был сыном человека по имени Левон, а значит, его отца звали Леонтием.

Географически фамилия тяготеет к северо-западной части Беларуси, особенно к Гродненской и Витебской областям, а также встречается в приграничных районах Польши (где её могли записать как Lewonienia) и Литвы. В России фамилия редкая и, скорее всего, была принесена переселенцами с белорусских земель в XIX–XX веках.

Интересная деталь: в отличие от русских фамилий на -еня, которые часто имеют ярко выраженный просторечный или даже прозвищный оттенок (например, Афоня, Гриня), в белорусской традиции такие формы были совершенно нормальными и нейтральными. Фамилия Левоненя не говорит о низком социальном статусе предка — её носителем мог быть и крестьянин, и мещанин, и казак. Единственное, что объединяет всех Левоненя, — это то, что их родоначальник носил имя Левон, которое в народе ассоциировалось с силой и мужеством (всё из-за того же «львиного» корня).