Фамилия Лепченко образована по типичной для украинского, белорусского и южнорусского ареала модели с суффиксом -енко, который в XVI–XVII веках означал «маленький», «сын» или «ученик». То есть Лепченко — это буквально «сын Лепка» или «потомок Лепка». Основа здесь — прозвище Лепко, которое, в свою очередь, происходит от прилагательного «лепкий». В старых говорах «лепкий» имело два основных значения: «липкий, клейкий» и, реже, «хороший, красивый» (сравните с «лепота», «великолепный»). Первое значение, скорее всего, и породило прозвище: Лепком могли называть человека с прилипчивым характером, назойливого, или же того, кто работал с чем-то вязким, например, гончара, работающего с глиной, или строителя, месившего глиняный раствор.

Встречается также вариант с корнем «леп-» в значении «лепить». В таком случае Лепко — это прозвище мастера-лепщика, скульптора или печника. В украинской традиции слово «ліпший» означает «лучший», что даёт третью, менее вероятную версию: прозвище могло быть дано в качестве комплимента («лучший парень»), но для фамилий на -енко характерна именно патронимическая связь с конкретным человеком, а не с абстрактным качеством.

Географически фамилия Лепченко чаще всего встречается на востоке Украины (Сумская, Полтавская, Харьковская области) и в прилегающих областях России (Курская, Белгородская, Воронежская). Это зона активного формирования фамилий на -енко, где они вытеснили более ранние русские формы на -ов/-ев. Поэтому у Лепченко есть прямые «родственники»: Лепков (русская форма, возникшая раньше), Лепко (без суффикса, исходное прозвище) и Лепченков (гибридная форма, где к украинскому суффиксу добавили русский -ов при адаптации фамилии в центральных губерниях).

В документах XVII–XVIII веков встречаются упоминания казаков и крестьян с фамилией Лепченко в реестрах Гетманщины и Слобожанщины. Сословно носители фамилии относились в основном к казачеству и государственным крестьянам, реже — к мещанам. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что говорит о её народном, а не искусственном происхождении.