Фамилия Лешенко чаще всего объясняется как украинская форма от крестильного имени Алексей (в переводе с греческого — «защитник»). В таком случае она образована по распространённой модели: к основе имени (через промежуточную форму Леш, Леха) добавили типичный украинский суффикс -енко, который означает «сын», «потомок» или «ученик». Изначально прозвище Лешенко давали сыну человека по имени Лех (Алексей) — то есть «Алексеевич».

Однако существует и другая, менее очевидная версия, которую не стоит отметать. В основе фамилии могло лежать не церковное имя, а древнее мирское прозвище Леший. В народных верованиях леший — дух леса, хозяин дикой природы, который мог быть как враждебным человеку, так и нейтральным. Давая ребёнку такое «охранительное» имя, родители верили, что злые силы не тронут того, кто уже назван их именем, — это был способ обмануть нечисть и уберечь сына. Таким образом, Лешенко мог означать «сын Лешего» или «потомок того, кого прозвали Лешим».

Обе версии имеют право на существование, но первая — от имени Алексей — встречается в украинской ономастике гораздо чаще и считается основной. В пользу этого говорит и распространённость фамилии: Лешенко встречается преимущественно на востоке Украины и в прилегающих областях России, где суффикс -енко был особенно продуктивным. Сословного барьера у этой фамилии не было: её могли носить как крестьяне, так и казаки.