Фамилия Лиханские — вариант фамилии Лиханский, и обе они восходят к одному корню. В основе лежит древнерусское мирское имя или прозвище Лихан. Это имя образовано от слова «лихой», но его смысл в старину был двойственным. Лиханом могли назвать удальца, смелого и бойкого человека, а могли — злого, мстительного и лукавого. Оба значения жили в языке одновременно, и сейчас невозможно точно сказать, какое из них дало начало фамилии в конкретном роду.

Фамилия образована по типичной для славян модели с суффиксом -ск-. Такие фамилии часто указывали на принадлежность к местности или роду, но в данном случае суффикс присоединён напрямую к личному имени Лихан. Это делает фамилию похожей на «княжеские» или «дворянские» по форме, хотя на деле она могла возникнуть в среде простых крестьян или посадских людей.

Менее вероятна версия, связывающая фамилию с еврейским именем Лиафан, якобы означающим «серый». Эта гипотеза слаба по двум причинам: во-первых, имя Лиафан крайне редко встречается в источниках, а во-вторых, для славянской ономастики куда естественнее объяснение от слова «лихой», которое дало жизнь целому гнезду фамилий — Лиханов, Лихов, Лихин, Лихачёв.

Фамилия Лиханские встречается реже, чем Лиханский, и её окончание на -ие характерно для форм множественного числа, которые в некоторых регионах (например, на севере и в Сибири) закреплялись за целыми семьями или династиями. Таким образом, Лиханские — это «семья Лиханских» или «дом Лиханских».