Фамилия Лиходеев — яркий пример того, как русская фамилия может быть образована не от имени или профессии, а от прозвища, описывающего характер или образ действия человека. В её основе лежит слово «лиходей» — в древнерусском языке так называли злодея, причинителя зла, лихого человека. «Лихо» в данном контексте — не «удаль» и не «смелость», а именно зло, беда, несчастье. Соответственно, Лиходей — это «тот, кто делает лихо», то есть вредитель, обидчик, разбойник. Впрочем, не стоит торопиться с выводами: в народной речи прозвища часто давались «от противного» или с долей иронии. Лиходеем могли назвать шаловливого, озорного ребёнка, а то и вовсе неудачника, на которого валили все беды.

Суффикс «-ев» указывает на принадлежность: Лиходеев — сын Лиходея, потомок человека с таким прозвищем. Модель образования типична для русских фамилий, но сама основа нечаста. В отличие от фамилий, образованных от «добрых» качеств (Добрынин, Милославский), Лиходеев стоит в ряду «отрицательных» прозвищ, которые, однако, не несли прямого осуждения — скорее, констатировали факт или особенность поведения.

Географически фамилия не привязана к какой-то одной области. Поскольку слово «лиходей» было общеупотребительным на всей территории Руси, носители фамилии встречаются и в центральных губерниях, и на севере, и на юге. Встречается она редко, что делает её запоминающейся. В дореволюционных переписях Лиходеевы фиксировались в основном среди крестьян и мещан — сословий, где прозвища закреплялись особенно прочно и передавались по наследству.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то логический ряд будет таким: Лиходеев — от «лихо» + «деять» (делать). Есть фамилия Лихолетов (от «лихое лето», то есть тяжёлый год), Лихобабин (от «лихой баба» — возможно, бойкая женщина), Лихоман (от «лихоманка» — лихорадка). Но Лиходеев стоит особняком: это не характеристика события или болезни, а прямая оценка человека как активного носителя зла. Впрочем, в XX веке фамилия получила известность благодаря писателю и сценаристу Виктору Лиходееву, автору повести «Звезда с неба» и романа «Сентиментальное путешествие на велосипеде», — что сняло с неё налёт исключительно «отрицательного» смысла.