Фамилия Лиходкин образована от прозвища или нецерковного имени Лиходка. Основа «лихо-» в древнерусском языке означала «зло», «беда», «лихость», «удаль» — слово было многозначным. Вторая часть, «-дка», скорее всего, уменьшительный суффикс. Таким образом, Лиходка — это человек, которого прозвали за какой-то выдающийся недостаток или, наоборот, за буйный нрав: «лихой» в смысле «злой, причиняющий вред» или «лихой» в смысле «удалой, смелый до безрассудства». В народной среде подобные имена-обереги давали не со зла, а чтобы отвести беду: назвали Злодей — значит, добрым вырастет.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Лиходкин буквально означает «сын Лиходки» или «потомок Лиходки». Это типичная русская «посессивная» модель, распространённая в XVI–XVII веках. Фамилия не дворянская и не искусственная — она сложилась в крестьянской или посадской среде, где человека называли по отцу или по прозвищу главы семьи.

Интересная деталь: в говорах северных и центральных губерний России слово «лиходка» могло означать не только человека, но и нечистую силу, «лихоманку» (лихорадку). Встречаются однокоренные фамилии — Лихачёв, Лихов, Лихонин, — но Лиходкин стоит особняком из-за редкого форманта -ка. Если Лихач — это удалец, то Лиходка — фигура более мрачная или ироничная.

Географически фамилия не привязана к какой-то одной области, но чаще встречается в центральных регионах России и Поволжье. В дореволюционных метрических книгах Лиходкины попадаются среди крестьян и мещан, без резкой сословной привязки. Носителей фамилии мало, что делает её ономастически ценной: она сохранила архаичную модель именования, почти исчезнувшую под напором канонических церковных имён.