Фамилия Лиходькин строится по самой распространённой в русской ономастике модели: основа + суффикс -ин. Суффикс указывает на принадлежность: Лиходькин — сын Лиходьки, то есть человека, носившего прозвище Лиходька. Прозвищная форма, в свою очередь, образована от прилагательного «лихой» с уменьшительным суффиксом -к(а). В древнерусском языке слово «лихой» имело широкий спектр значений: от «злой, опасный, тяжёлый» до «удалой, смелый, проворный». Поэтому прозвище Лиходька могли дать человеку с неспокойным, буйным нравом, либо, наоборот, очень ловкому и быстрому в делах.

Менее вероятна, но возможна связь с существительным «лихо» в значении «зло, беда». В таком случае Лиходькой могли назвать человека, от которого, по мнению окружающих, исходила угроза, или же того, кто пережил много несчастий. Однако в народной традиции прозвища чаще давались по яркой черте характера или поведения, так что версия с «удалым» или «лихим» человеком выглядит предпочтительнее.

Фамилия Лиходькин — сравнительно редкая. Она не попала в число распространённых дворянских фамилий и не упоминается в ранних боярских списках. Скорее всего, её носители происходили из крестьянской или посадской среды. Географически фамилия встречается разрозненно, без ярко выраженного «гнезда», что говорит о её позднем и независимом возникновении в разных регионах. Встречаются однокоренные фамилии: Лиходеев, Лиходед, Лиходей, — но все они образованы от разных прозвищных основ и не являются прямыми вариантами.