Фамилия Лиходина — женская форма, а её мужской вариант — Лиходин. В основе лежит прозвище или мирское имя Лиходей, а само слово «лиходей» в русских говорах означало злодея, вредителя, лихого человека. Но не спешите видеть в предках разбойников: в народной среде такие имена давали не по реальным качествам, а как оберег. Считалось, что если назвать ребёнка Лиходеем, злые духи не позарятся на «плохого» и не навредят ему. Это типичная древнерусская практика «от противного»: добрых детей нарекали Горе, Злоба, Некрас — чтобы настоящая беда обходила стороной.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность — «чей?» — Лиходин, то есть сын или потомок Лиходея. Такие фамилии (на -ин) в основном складывались в северных и центральных русских землях, где активно бытовала форма притяжательных прилагательных на -ин от личных имён и прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. Если бы прозвище звучало как Лиходей, фамилия имела бы форму Лиходеев. Но раз мы видим Лиходин, исходная основа — Лиходя или Лиходя, что встречалось в новгородских и псковских говорах как ласкательная или уменьшительная форма от Лиходей.

Встречается и более прозаичная версия: прозвище Лиходей мог получить человек, работавший с «лихим» — то есть с лихой, тяжёлой работой, например, с ломом или кувалдой. В этом случае фамилия носила бы профессиональный оттенок, как Кузнецов или Плотников, но с отсылкой к инструменту или характеру труда. Однако эта гипотеза менее распространена в ономастике: словарь Б. Унбегауна и работы В. Никонова склоняются к обереговому значению.

Географически фамилия Лиходин (и Лиходина) встречается рассеянно, без ярко выраженного гнезда. Наибольшая плотность — в Нижегородской и Костромской областях, что косвенно подтверждает севернорусский путь распространения суффикса -ин. Встречается и вариант Лиходеев — он мог возникнуть независимо в южных регионах, где предпочитали суффикс -ев.

Редкость фамилии делает её хорошей иллюстрацией того, как древние обереговые имена, почти забытые в живой речи, сохранились в паспортных записях.