Фамилия Лилиен — одна из тех, что обманывает ожидания. На слух она кажется то ли прибалтийской, то ли немецкой, то ли образованной от женского имени Лилия. На деле всё иначе, и именно этот разрыв между звучанием и происхождением делает её интересной.

Корень здесь — не цветок и не имя, а искажённое еврейское фамильное прозвище. В основе лежит слово «лили» (идиш לילי — «ночной») или библейское имя Лилит. В восточноевропейских еврейских общинах фамилию Lilen или Lilien давали семьям, чей предок был, например, ночным сторожем или имел тёмные волосы, ассоциировавшиеся с ночью. Однако в русской записи конечное «ен» — это не уменьшительный суффикс, а фиксация немецкого или идишного окончания -en. Фамилия попала в русский язык через метрические книги или паспортные столы Российской империи, где чиновники записывали её на слух, не меняя окончания.

Географически Лилиен привязана к черте оседлости: больше всего носителей встречалось в Волынской, Подольской и Киевской губерниях. Встречается она и в современных вариантах Лилин, Лилиенко, но именно форма Лилиен сохранилась у семей, которые не русифицировали окончание. Попытки вывести фамилию от немецкого Lilien («лилии») маловероятны: в немецкой среде такая фамилия существовала, но как дворянская — с приставкой «фон» или в форме von Lilien. Простые Лилиены в России к немецкому дворянству отношения не имеют.

Словообразовательная модель здесь нестандартная для русских фамилий: отсутствие суффикса -ов/-ев или -ин говорит о том, что фамилия не прошла через русскую адаптацию, а осталась в исходной иноязычной записи. Это редкий случай, когда фамилия не «обрусела» даже в бытовом употреблении. Если ваш предок носил фамилию Лилиен, он почти наверняка был выходцем из еврейской среды западных губерний, а его прозвище указывало на связь с ночным временем или тёмной внешностью.