Фамилия Липатникова — один из тех случаев, когда народная память переиначила церковное имя до неузнаваемости, а потом закрепила результат в родовом прозвище. В основе лежит греческое крестильное имя Ипатий (Ὑπάτιος), которое означает «высочайший». В русском обиходе его переделали в более удобное для произношения Липатий, а затем и вовсе сократили до Липат. От этого имени образовали отчество-прозвище Липатник — так нарекли сына Липата. А уже от него пошла фамилия: чей? — Липатникова.

Суффикс -ник в данном случае не указывает на профессию, а выступает как типичный русский патронимический формант, аналогичный сочетаниям вроде «Иван — Ивашник», «Пётр — Петрушник». Такая модель встречалась реже, чем прямой суффикс -ов/-ев, и это делает фамилию более редкой по способу образования.

Существует и вторая версия, но её правдоподобие заметно ниже. Согласно ей, Липатник — не от имени, а от прозвища, которое дали мастеру по пошиву липтов. Липтами в старину называли самоедские (ненецкие) сапоги или чулки из шкур, сшитые шерстью внутрь. Логика тут есть: прозвище по ремеслу — распространённый источник фамилий. Однако против этой гипотезы говорит то, что слово «липты» было узкорегиональным, северным, и вряд ли дало бы прозвище, распространившееся за пределы Поморья, тогда как имя Липат встречалось повсеместно. К тому же суффикс -ник в прозвищах по профессии чаще означал самого ремесленника (сапожник, плотник), а не его потомка, как в патронимической модели.

Таким образом, основная версия — происхождение от крестильного имени Ипатий через его русскую форму Липат — выглядит убедительнее и подкрепляется известными ономастическими закономерностями. Фамилия Липатникова фиксируется преимущественно в центральных и южнорусских областях, что тоже косвенно указывает на её церковные, а не промысловые корни.