Фамилия Липатников образована от имени Липат, а то, в свою очередь, — адаптированная русским языком форма греческого крестильного имени Ипатий. В переводе с греческого оно означает «высочайший». На русской почве имя сначала превратилось в Липатий, а затем сократилось до Липат. От этого имени произошло отчество-прозвище Липатник («сын Липата»), которое и легло в основу фамилии. На Руси давали имена в честь святых, веря, что такая незримая связь с покровителем определит судьбу ребёнка, — это и объясняет популярность церковных имён в основе фамилий.

Есть и другая версия, хотя она менее правдоподобна. Согласно ей, прозвище Липатник связано не с именем, а с ремеслом. В старину «липтами» называли самоедские сапоги или чулки из шкурок животных, которые носили шерстью внутрь. Не исключено, что основатель рода шил такую обувь, за что и получил прозвище. Но большинство ономастов склоняются к первой, «именной» версии: она типична для русской модели образования фамилий, когда суффикс -ник добавляется к основе имени, а затем наследуется в форме -ов.

Суффикс -ников указывает на принадлежность: Липатников — буквально «сын Липатника». Такая модель (имя + ник + ов) встречается реже, чем просто -ов или -ин, и встречается в основном в северных и центральных русских говорах. Таким образом, фамилия Липатников — это потомок человека, которого в быту звали Липатник, будь то по имени отца или по занятию.