Фамилия Липков образована от прозвища или имени Липок. Чтобы понять её происхождение, нужно разобраться, что стояло за этой основой, и здесь есть несколько версий.

Самая распространённая гипотеза связывает прозвище Липок с деревом липой. В народной традиции липа почиталась как дерево-оберег. Давая ребёнку прозвище Липок, родители могли желать, чтобы природа приняла его как своего, а к нему перешли полезные качества этого дерева — сила, здоровье, мягкость. Это объяснение относится к разряду «охранительных» имён, которые были призваны защитить ребёнка от злых сил.

Однако та же самая основа могла указывать и на ремесло предка. Липок — это не только дерево, но и луб, мочало, которые шли на изготовление рогож, кулей, лаптей. Заготовка и обработка липового лыка была распространённым промыслом. Кроме того, из мягкой и податливой липовой древесины делали посуду, игрушки, резные наличники. Поэтому прозвище Липок мог получить либо тот, кто драл лыко, либо плотник, либо резчик по дереву. В этом случае фамилия указывает на конкретный род занятий, а не на пожелание ребёнку.

Есть и третья версия, лингвистическая. Липок могло быть уменьшительной формой от крестильного имени Олимпий (греч. «олимпийский»). В народе это редкое имя сокращали до Лип, Липок по той же модели, как Олимпиада превращалась в Липа, Липа. В таком случае фамилия Липков — это «сын Липка», то есть потомок человека, которого в быту звали Липком в честь святого Олимпия.

Какую из версий считать основной — вопрос открытый. Фамилия недворянская, образована с помощью типичного русского суффикса -ов, что значит «принадлежащий Липку». Географически фамилия встречается в центральных и южных регионах России, где липа — обычное дерево, что косвенно подтверждает первую, «растительную» версию.