Фамилия Липкова принадлежит к числу русских фамилий, образованных от женского прозвища или имени. Её основа — слово «липка». В русских говорах так называли не только маленькую липу, но и липкий, приставучий предмет, а в переносном смысле — льстивого, вкрадчивого человека. Однако вероятнее, что прозвище Липка дали человеку, жившему возле липовой рощи или торговавшему липовым лыком.

Суффикс -ов- в фамилии Липкова указывает на принадлежность. В XIX веке фамилии на -ов/-ев часто получали крестьяне и мещане, причём форма Липкова — это женский вариант, который в официальных документах закрепился за женщинами, а мужчины носили форму Липков. Но в современном русском языке фамилия Липкова может принадлежать как женщине, так и быть исходной формой для всей семьи.

Интересная деталь: фамилия Липкова встречается в основном в центральных и южных регионах России, где липа была распространённым деревом и важным промысловым сырьём. В старину из липового лыка плели лапти, мочало, делали короба — так что предок-Липка мог быть лыкодером или лапотником. Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «липка» в значении «плохая, негодная вещь»: тогда прозвище давали нерадивому работнику.

В отличие от фамилий на -ин (Липкин), которые чаще образовывались от имён и прозвищ на -а/-я, фамилия Липкова через суффикс -ов- подчёркивает патронимический характер: буквально «дочь или жена Липки». В ономастических справочниках фамилия не относится к числу редких, но и не входит в первую сотню распространённых, что типично для фамилий, образованных от названий деревьев, но не от самых частых основ (вроде Дубов, Берёзов).