Фамилия Липнитцкий — редкий случай, когда написание почти полностью сохраняет польскую орфографию. Двойное «тц» (tz) и окончание на -ий, а не на -ский, выдают в ней выходца из шляхетской среды Речи Посполитой, чью фамилию при переносе в русские документы не стали русифицировать до конца. Если бы фамилия адаптировалась привычным образом, мы бы имели дело с Липницким — и таких на просторах бывшей империи десятки тысяч. А Липнитцких — единицы.

Основа фамилии — топоним Липница или Липнице. В Польше, Беларуси и на западе Украины таких сел и местечек десятки: от Мазовии до Волыни. Название восходит к слову «липа» — дерево, которое у славян считалось священным и часто отмечало границы, места сходов или просто богатые липняки. Человек, получивший фамилию по месту жительства, становился «тем из Липницы» — отсюда польская модель на -цкий. Вариант Липнитцкий, с удвоением, мог закрепиться в метриках или судебных книгах, где писарь старательно выводил каждую букву, а потом переписчики уже не решались упрощать.

Суффикс -цкий в польской традиции указывает на дворянское происхождение чаще, чем в русской. Многие Липницкие входили в гербовые кланы (например, герба Гриф или Прус), и если ваш предок носил именно Липнитцкого, велика вероятность, что он принадлежал к мелкопоместной шляхте, которая после разделов Польши оказалась в черте оседлости или перебралась в центральные губернии. Двойное «т» могло сохраниться в документах именно как знак «непростой» фамилии — её не сократили до Липницкого, а оставили как есть, чтобы подчеркнуть происхождение.

С точки зрения словообразования всё прозрачно: корень лип- (липа), суффикс -ниц- (указание на место), окончание -цкий — типичная польская атрибутивная модель. Никакой альтернативной этимологии вроде немецкого «липпен» или литовского «липта» здесь нет: география и документальные записи уверенно ведут к липе и польско-белорусскому пограничью. Если когда-нибудь встретите в метриках Липницкого, а рядом — Липнитцкого, скорее всего, это один род, чью фамилию писали по-разному в зависимости от грамотности писаря. Но если ваш вариант именно с двумя «т» — вы держитесь за старую, канцелярски точную форму, которую не стерло время.