Фамилия Липовкин образована от прозвища или личного имени Липовка. В русском языке суффикс -к(а) в основе фамилии (Липов-к-а) часто указывает на уменьшительно-ласкательную форму, а конечный -ин — на принадлежность: «чей?» — «Липовкин», то есть сын или потомок Липовки. Такая модель типична для восточнославянских фамилий, особенно распространённых в центральных и южных регионах России.

Само имя Липовка могло возникнуть двумя путями. Первый — от названия дерева липа. В народной среде липа была символом мягкости, красоты, а её древесина ценилась за лёгкость в обработке. Прозвище Липовка могли дать человеку, который жил в липовой роще, торговал липовым лубом или мёдом, либо просто отличался кротким нравом. Второй, менее очевидный вариант — от географического названия: в России много деревень и сёл с названием Липовка (например, в Тамбовской, Самарской, Нижегородской областях). В таком случае фамилия Липовкин означает выходца из такого поселения.

Интересная деталь: в отличие от более распространённой фамилии Липов (с суффиксом -ов), вариант Липовкин встречается реже и имеет более выраженный оттенок «малой родины» или личного прозвища. В ономастических словарях, например у Б. Унбегауна, отмечается, что суффикс -ин характерен для фамилий, образованных от слов женского рода или от уменьшительных форм на -ка. Липовка — слово женского рода, поэтому фамилия закономерно получила окончание -ин, а не -ов.

В исторических документах фамилия фиксируется с XVIII века. Например, в ревизских сказках Курской губернии встречаются крестьяне и однодворцы Липовкины. Сословно фамилия преимущественно крестьянская или мещанская, без связи с дворянством. Встречается она и в среде старообрядцев, которые часто селились в лесных районах, где липа была распространена.