Фамилия Лисафьев образована от женского имени Лисафья — одной из просторечных народных форм крестильного имени София. В русском языке имя София (в переводе с греческого — «премудрая») дало множество производных: Олексафия, Алисафа, Лисафья. Такие варианты возникали из-за особенностей произношения и ассимиляции заимствованных звуков.

Модель образования фамилии — от женского имени с помощью суффикса -ев. Это типичный патроним (отчество), указывающий на родство: Лисафьев буквально означал «сын (или потомок) женщины по имени Лисафья». В русской ономастике фамилии от женских имён встречаются реже, чем от мужских, и обычно указывают на то, что основатель рода был записан по матери — например, если она была вдовой или её имя было более употребительным в округе.

Географически фамилия редкая. Основные очаги бытования — центральные регионы России, где были распространены диалектные формы имени София. Встречаются варианты написания: Лисафьев, Лисафьёв (с ударением на последний слог), а также однокоренные фамилии Лисафьин, Лисафьевский.

С точки зрения социального контекста, носители фамилии Лисафьев в большинстве происходили из крестьянских и мещанских сословий: в метрических книгах XIX века эта фамилия фиксируется в среде государственных крестьян и однодворцев южных губерний. Проследить точную дату возникновения сложно, но в письменных источниках фамилия встречается с середины XVIII века.

Коротко: предок носителя фамилии Лисафьев был человеком, чью мать или бабку звали Лисафья — народным вариантом имени София.