Фамилия Лисаркин образована от мирского имени Лисарка — так в старину могли назвать ребёнка, чтобы уберечь его или передать ему качества зверя. Основа имени восходит к словенскому слову lisirka, то есть «лиса». В народной традиции имя, взятое от животного, должно было сделать природу «своей» для малыша: считалось, что вместе с именем к нему перейдут хитрость, ловкость и осторожность лисы.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: Лисаркин означает «сын Лисарки» или «из дома Лисарки». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я.

Существует и менее правдоподобное объяснение: будто бы прозвище Лисарка связано с прилагательным «лысый», которое в некоторых говорах звучало как «лисый». Лысина в крестьянской среде не считалась недостатком — напротив, о лысом человеке говорили: «Детинка с плешинкой везде пригодится» или «Лыс конь — не увечье; плешив молодец — не бесчестье». Так могли прозвать опытного, бывалого мужчину. Однако эта версия слабее: переход «лысый» → «лисый» действительно встречается в диалектах, но маловероятно, чтобы на его основе возникло уменьшительное «Лисарка» с чужеродным суффиксом -арк-. Слово «лисарка» куда естественнее выводится из названия животного.

Фамилия довольно редкая. Её географическое ядро, скорее всего, связано с западнорусскими или южнорусскими землями, где ощущалось влияние соседних славянских языков. Встречаются варианты написания Лисаркин и Лисоркин — второй мог возникнуть под влиянием акающего произношения.