Фамилия Лисьева — женская форма от Лисьев. В основе лежит прозвище Лис, Лисей или прилагательное лисий. Модель образования здесь та же, что у тысяч русских фамилий: к основе на мягкий согласный прибавляется суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей сын?» — Лисьев). Ударение, скорее всего, падает на первый слог: Ли́сьева.

Исходное прозвище Лис (или уменьшительное Лисей) на Руси давали не столько за рыжий цвет волос, сколько за хитрость, льстивость или изворотливость. В народной культуре лис — персонаж двойственный: с одной стороны, умный и ловкий, с другой — плутоватый и ненадёжный. Поэтому прозвище могло закрепиться как за человеком с соответствующим характером, так и за охотником на лис.

В написании фамилии есть особенность: корень лис- может восходить к двум разным словам. Первый вариант — к животному. Второй, менее очевидный, — к древнерусскому «лисый», то есть «лысый» (ср. диалектное «лисина» — лысина). В этом случае прозвище Лисей давали плешивому человеку, а фамилия Лисьев получила бы иной смысл — «сын лысого». С исторической точки зрения эта версия правдоподобна: прозвища по внешности встречаются не реже, чем по характеру.

Среди однокоренных фамилий — Лисов, Лисин, Лисицын. Лисьева стоит особняком из-за мягкой основы и суффикса -ев, что указывает на происхождение из регионов, где в говорах бытовала форма «Лисей» (северные и центральные области России). Географически фамилия редкая: в современных справочниках она не входит в число массовых, а её носители встречаются в основном на Урале и в Поволжье, куда переселенцы принесли прозвище из северорусских земель.

Сословная принадлежность предков Лисьевых не реконструируется без конкретных архивных записей: прозвище носили и крестьяне, и посадские. В дворянских родословных книгах фамилия не отмечена, что говорит о её «низовом» происхождении — от личного прозвища, а не от служилого имени.