Фамилия Лисева — одна из тех, где за привычным звучанием скрывается неочевидный спор о происхождении. Основная и наиболее убедительная версия связывает её с мирским именем Лис. В древнерусской традиции имя, данное по названию животного, было не редкостью: родители верили, что так природа примет ребёнка как своего, а сам он перенимает черты зверя. В случае с лисой набор качеств двойственный. С одной стороны, народная молва наделила её хитростью и коварством — отсюда поговорки вроде «Лиса и во сне кур у мужика в хлеве считает» или «Где я лисой пройдусь, там три года куры не несутся». С другой — это зверь ловкий и умеющий выпутываться из сложных ситуаций. Поэтому Лисом или Лисаком в старину могли прозвать как хитрого, льстивого человека, так и просто того, кто отличался смекалкой.

Менее распространённая, но всё же имеющая право на существование версия выводит фамилию от прозвища Лисый. В некоторых говорах прилагательное «лысый» звучало именно так — «лисый». Тогда прозвище указывало на внешнюю примету: небольшую лысину, проплешину. Впрочем, в тех же говорах слово «лисый» могло означать и «жёлтый» — возможно, речь шла о цвете волос. Эта гипотеза выглядит слабее первой, поскольку фамилии на -ев(-ова) чаще образуются от имён и прозвищ на твёрдый согласный (Лис → Лисев), а форма с суффиксом -ев от прилагательного «лисый» была бы скорее исключением.

Сама фамилия Лисева — по модели образования типично русская, с патронимическим суффиксом -ев, указывающим на принадлежность («чей?» — сын Лиса). Встречается она преимущественно в центральных и северных регионах России, где мирские имена были особенно живучи. Стоит заметить, что фамилия Лисев (а Лисева — её женская форма или вариант в родительном падеже) не стоит путать с более редкой Лисынов или Лисьев — те образованы от другой основы.