Фамилия Лишанкова — это женская форма от фамилии Лишанков, которая образовалась от прозвища или имени Лишанко. В основе этого прозвища лежит суффикс -ко, типичный для украинской, белорусской и южнорусской традиции: он превращал личное имя или характеристику в обиходное именование. Именно такие формы (Лишанко, Иванко, Петрусько) часто становились основой для будущих фамилий на -ов.

Значение прозвища Лишанко неоднозначно, и здесь возможны разные версии. Первая отталкивается от глагола «лишать»: Лишанком могли прозвать бедняка или человека, потерявшего дом и имущество, например, при пожаре. Вторая версия связывает прозвище со словом «лишанка» — так в некоторых говорах называли женщину, которая оставила мужа. В этом случае Лишанко могло быть прозвищем её сына, то есть «материнским» именованием по обстоятельствам рождения.

Третья гипотеза выводит основу из прилагательного «лихой». В старину «лихой» означало не только «злой», но и «бойкий, удалой, смелый, решительный». Такое прозвище могло отражать характер предка. Наконец, существует версия об охранительном имени Лишанко, данном от слова «лихо» (горе, беда). Славяне верили, что имя с негативным значением отпугнёт злых духов и защитит ребёнка от настоящих несчастий.

Какая из версий верна, сегодня сказать трудно, но все они показывают, что фамилия Лишанков не связана с каким-то одним сословием — её могли носить и крестьяне, и горожане. Географически фамилия встречается в основном в центральных и южных регионах России, а также на Украине, что подтверждает её восточнославянское происхождение. Разные корни (от «лишать» до «лихой») не противоречат друг другу: в разных семьях прозвище могло возникнуть независимо по разным причинам.