Фамилия Лишанин образована от прозвища или мирского имени Лишаный. Основа — прилагательное «лишаный», которое в русских говорах имело два основных значения. Первое — «тот, у кого чего-то нет», «обделённый», «лишённый». Второе — «покрытый лишаями», больной кожной болезнью. В обоих случаях прозвище давали по заметной внешней или физической особенности. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Лишанин — «сын Лишаного» или «человек из семьи Лишаного». Это типичная восточнославянская модель, где притяжательное прилагательное превратилось в фамилию.

Интересная деталь — написание через «а» во втором слоге: Лишанин, а не Лишенин. Форма «лишаный» (с ударением на второй слог) закрепилась в северных и сибирских говорах, тогда как в центральных областях чаще говорили «лишёный». Это позволяет предположить, что фамилия возникла не в средней полосе России, а на Русском Севере, Урале или в Сибири — в зоне позднего заселения, куда переселенцы принесли свои диалекты. В писцовых книгах XVII века встречаются крестьяне с прозвищем Лишаной, особенно в Вятской и Пермской губерниях.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с глаголом «лишать» в значении «отнимать». В таком случае Лишаным могли назвать человека, который отбирал чужое имущество, то есть грабителя или обидчика. Однако в русской традиции прозвища по действию обычно оформлялись суффиксом -тель (Лишитель) или -ун (Лишун), а форма на -аный характерна именно для признаковых прозвищ. Поэтому версия с «лишённым» или «покрытым лишаями» выглядит убедительнее.

В современной России фамилия редкая. Больше всего носителей живёт в Курганской, Свердловской и Тюменской областях, что подтверждает сибирское происхождение. В XIX веке Лишанины числились в основном государственными крестьянами, реже — мещанами. Дворянских родов с такой фамилией нет.