Фамилия Лишанков образована по типичной для восточнославянских фамилий модели: к основе Лишанко добавился патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Лишанко). Сама основа Лишанко — это уменьшительная форма, характерная для украинских и белорусских говоров, что может указывать на юго-западное происхождение фамилии. Первичное прозвище Лишанко, скорее всего, не было связано с современным глаголом «лишать», а восходит к древнерусскому слову «лихо» — «зло, беда, горе». В народной традиции такие «охранительные» имена (Лишанко, Неждан, Некрас) давали детям, чтобы отвести от них настоящие несчастья: считалось, что злые силы не позарятся на того, кого уже назвали «бедовым». Менее вероятна версия о происхождении от «лишанки» (женщины, бросившей мужчину) — это позднее диалектное значение, которое вряд ли легло в основу устойчивого прозвища. Также сомнительна связь с «лихим» в значении «удалой»: в этом случае форма была бы Лиханко, а не Лишанко. Таким образом, наиболее обоснованной выглядит версия об охранительном имени: предок носителя фамилии Лишанков в детстве звался Лишанко, чтобы обмануть судьбу и уберечь от настоящего «лиха».