Фамилия Лищенко чаще всего образована от мирского имени Лищ, которое восходит к украинскому «лiщ» — лещ. В старину на Руси «рыбные» имена давали не случайно: родители верили, что природа примет ребёнка как своего, а к нему перейдут свойства этого животного — ловкость или умение ускользать от опасности. Так имя превращалось в оберег.

Суффикс -енко указывает на украинское происхождение фамилии. В этой модели прибавление суффикса к основе имени или прозвища означало «маленький» или «сын такого-то». То есть Лищенко — это буквально «сын Лища». Подобная словообразовательная схема была особенно распространена в Левобережной Украине и на Слобожанщине, где фамилии на -енко составляют значительную часть местного ономастикона.

Встречаются и альтернативные версии, хотя они менее вероятны. По одной из них, в основе лежит немецкое liesche — «тростник, камыш», и прозвище Лищ могли дать человеку, жившему в болотистой местности, поросшей камышом. По другой — прозвище связано с названием поселений Лищ, Лиш в Голштинии или Лишау в Восточной Пруссии, откуда мог происходить носитель фамилии. Однако обе эти гипотезы не находят убедительного подтверждения в украинском контексте, где «лiщ» — слово прозрачное и обиходное, а суффикс -енко — исконный.

Таким образом, основная версия остаётся самой простой и естественной: фамилия Лищенко — это отчество от мирского имени Лищ, которое родители давали по названию рыбы, желая ребёнку здоровья и связи с природой.