Фамилия Лисиненко — яркий пример украинской модели фамильного словообразования на -енко. В XVII–XVIII веках этот суффикс, изначально указывавший на сына или потомка («Лисиненко» = «сын Лисуна» или «маленький Лис»), стал массово вытеснять более архаичные формы на -ович/-евич, и сегодня каждая десятая украинская фамилия оканчивается именно так. В отличие от русских фамилий с суффиксом -ов/-ев, которые закрепились в основном у дворянства и духовенства, фамилии на -енко долго оставались народными, крестьянскими и казачьими.

Основа фамилии — прозвище Лис или Лисун. В славянской традиции звериные прозвища давали не столько за внешнее сходство, сколько за черты характера: хитрость, изворотливость, умение выходить сухим из воды. На Украине Лисом могли прозвать ловкого торговца, удачливого переговорщика или человека, который умел обходить острые углы в быту. Встречается и более прозаическая версия: прозвище могло закрепиться за рыжим или рыжеватым человеком — по цвету лисьей шерсти.

Географически фамилия Лисиненко привязана к левобережной и центральной Украине — Полтавщине, Черниговщине, Киевщине. В казачьих реестрах XVII века встречаются однофамильцы с похожей основой, но в форме Лисина или Лисенко. Форма с суффиксом -енко, а не -ина, указывает, что фамилия сложилась в тот период, когда модель на -енко уже вытеснила патронимический суффикс -ин, характерный для северных русских земель.

Сословно носители фамилии почти всегда относились к крестьянству или казачеству. В метрических книгах XIX века Лисиненко — частая фамилия среди государственных крестьян и бывших казаков Полтавской губернии. Дворянских родов с такой фамилией практически нет: отсутствие приставки «фон», герба и записей в родословных книгах говорит о том, что фамилия не попала в высшее сословие.

Любопытная деталь: на юге России и Кубани, куда массово переселялись украинские крестьяне, фамилия иногда меняла ударение. В украинском варианте ударение падает на предпоследний слог — Лиси́ненко, а в русском окружении нередко смещается на первый: Ли́синенко. Это типичный след адаптации фамилии в иноязычной среде.