Фамилия Лисенко — один из ярких примеров украинской модели фамилий с суффиксом -енко. Этот суффикс, изначально означавший «сын» или «маленький», в XVI–XVII веках стал едва ли не главным маркером украинской фамильной системы, вытеснив многие другие окончания. В основе фамилии лежит прозвище Лис, а точнее — его притяжательная форма Лисий.

Прозвище Лисий неоднозначно. Самое прямое объяснение — от украинского «лисий» (лысый). Человека могли так прозвать за отсутствие волос, и это, пожалуй, самая вероятная версия, если исходить из фонетики: украинское «и» в этом слове произносится как русское «ы», и фамилия звучит как «Лысенко». В украинском языке слово «лис» означает и животное, и лес. Поэтому прозвище Лисий могли дать и рыжему, как лис, человеку, и хитрому, и тому, кто жил в лесу («лiс»). Однако все эти версии — вторичны по отношению к «лысому»: именно значение «лысый» закреплено в украинских говорах как основное для слова «лисий».

Суффикс -енко присоединялся к основе, обозначавшей отца: Лисенко — буквально «сын Лисого». По такой же модели образованы десятки тысяч украинских фамилий: Шевченко (сын Шевца), Коваленко (сын Коваля), Ткаченко. В России фамилии на -енко особенно распространены на юге и юго-востоке — в бывших Слобожанщине и Новороссии, куда в XVIII–XIX веках активно переселялись украинские крестьяне и казаки.

Интересно, что в русской традиции фамилию часто записывали через «ы» — Лысенко. Это не ошибка, а точная передача украинского произношения. Известно, что в метрических книгах XIX века встречаются оба варианта написания, иногда даже у одной семьи. Фамилия Лисенко (Лысенко) — не дворянская, а крестьянская или казацкая по происхождению. Её носители — потомки тех, кого в реестрах записывали просто по отцу или прозвищу, без сословных привилегий.