Фамилия Лисенок — редкий случай, когда прозвище или мирское имя перешло в фамилию почти без изменений, без типичных суффиксов -ов, -ин или -ский. Перед нами чистая основа, застывшая в форме именительного падежа. Это указывает на относительно позднее оформление фамилии (не ранее XVII–XVIII века) и, скорее всего, на её украинское, белорусское или южнорусское происхождение, где такие бессуффиксные фамилии встречаются гораздо чаще, чем на севере России.

В основе лежит слово «лисёнок» — детёныш лисы. Прозвище Лисёнок могли дать человеку за рыжий цвет волос, хитрость, льстивость или, напротив, за внешнее сходство: узкое лицо, острые черты, маленький рост. В славянской традиции прозвища от названий животных были распространены повсеместно, но форма с уменьшительным суффиксом -ёнок придаёт прозвищу оттенок скорее ласковый или ироничный, чем грубый. Вряд ли это было связано с профессией — лис на Руси не одомашнивали и не держали в хозяйстве.

Любопытно, что фамилия Лисенок может быть и «вторичной», то есть образованной от другой фамилии. В некоторых говорах «лисенком» называли человека, носящего фамилию Лисов, Лисицын или Лисенко, — своего рода внутридеревенское прозвище, которое потом закрепилось за потомками. Такая цепочка: был Иван Лис, его сына дразнили Лисёнком, а внук уже официально записался Лисенком.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским областям и Украине. Встречается она и у казачества, где прозвища часто носили характер боевых кличек, но документальных подтверждений этому нет. Среди известных носителей фамилии нет громких исторических фигур, что типично для поздних и локальных фамилий — она осталась бытовой, деревенской, не попавшей в дворянские родословные книги.

С точки зрения словообразования фамилия стоит особняком. Большинство русских фамилий на -ёнок (вроде Козлёнок, Волчонок) со временем русифицировались, получив суффикс -ов. То, что Лисенок сохранил исходную форму, говорит либо о сильной диалектной традиции, либо о том, что фамилия закрепилась на письме сравнительно поздно, когда процесс «окончания на -ов» уже не был обязательным.