Основой фамилии Лисин послужило мирское имя Лиса. Мирское имя Лиса было типичным для русских. Давая младенцу такие имена, как, например, Лиса, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребёнка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделён избранный представитель животного или растительного мира. Поскольку издревле лисица считалась символом коварства и вероломства, то Лисой могли называть и человека хитрого, льстивого, способного на обман. Согласно другой, менее правдоподобной версии, фамилия Лисин образована от прозвища Лисый (в некоторых говорах прилагательное «лысый» звучало как «лисый»). Однако Лисым также могли называть опытного, бывалого человека. В некоторых говорах слово «лисый» означало «жёлтый». Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Лиса, со временем получил фамилию Лисин.