Прозвище Лискун, от которого пошла фамилия, скорее всего, связано с украинским глаголом «лискати» — «лосниться, блестеть». Такое прозвище мог получить человек, который следил за собой и своей одеждой: чистоплотный, опрятный, начищенный до блеска. Это одна из тех фамилий, где за бытовым, на первый взгляд, прозвищем стоит положительная характеристика — аккуратность и педантичность.

Словообразовательная модель проста: основа «лиск-» (от «лискати») плюс суффикс «-ун», который в украинских и южнорусских говорах часто указывал на носителя действия или признака (сравните: «говорун», «крикун»). Фамилия распространена в украинской и южнорусской среде, что подтверждается и глагольным корнем, и типичным для этих регионов суффиксом.

Самый известный носитель фамилии — Ефим Федотович Лискун (1873–1958), крупный российский зоотехник. Его научная работа вышла далеко за рамки обычной карьеры учёного: он собрал уникальную коллекцию скелетов сельскохозяйственных животных — свыше пяти тысяч экземпляров. В 1950 году на основе этого собрания открыли Государственный музей животноводства в Москве, который сегодня носит имя Лискуна. Для человека с прозвищем, означающим «блестящий», такая судьба почти символична: он сделал блестящую карьеру и оставил после себя музей, где «начищенным до костей» стал сам предмет его изучения.

Если отбросить известного учёного, фамилия Лискун остаётся довольно редкой. Она не входит в списки массовых русских фамилий и чаще встречается на территориях, исторически связанных с украинским языковым влиянием. При этом её корень не стоит путать с однокоренными «лис-» (от слова «лиса»): здесь нет никакой связи с хищным зверем, только с блеском и чистотой.