Фамилия Лиснякова — женская форма от Лисняков, и её основа не так прозрачна, как кажется на первый взгляд. Самое очевидное объяснение — связь с лисой: прозвище Лисняк могли дать хитрому, льстивому или рыжему человеку. Однако суффикс -няк в русских прозвищах встречается реже, чем простой Лис или Лиса, и это заставляет присмотреться внимательнее.

Вероятнее, что в основе лежит не зверь, а топоним. Лисняк — распространённое название оврагов, болот или лесных участков, где водились лисы. В псковских и тверских говорах «лисняком» называли лисью нору или место, богатое дичью. Тогда Лисняк — это человек, живший в урочище с таким названием, либо выходец из деревни Лисняки (такие деревни есть, например, в Смоленской и Брянской областях). Модель образования фамилии через суффикс -ов/-ев типична для русских фамилий, возникших от географических прозвищ.

Менее распространённая, но лингвистически допустимая версия — происхождение от имени Лис, сокращённой формы от крестильного имени Каллистрат (в народе — Листрат) или от Филипп. В этом случае «Лисняк» — это сын Лиса, то есть «Лисов сын», с тем же суффиксом -няк, который иногда использовали для обозначения потомка (сравните: Первак — первый сын, Шестак — шестой). Но эта версия слабее, так как для отчеств в XVI–XVII веках чаще использовали суффиксы -ов/-ев, -ин, а не -няк.

Фамилия Лисняков (и Лиснякова) — редкая, не входит в сотни самых распространённых. Её носители, скорее всего, крестьянского или однодворческого происхождения, особенно если корни ведут в южные и западные регионы России, где фамилии на -ов/-ев закрепились позже, чем на севере. Сама фамилия не дворянская и не купеческая — в родословных книгах она не фигурирует.