Фамилия Листойкин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. На первый взгляд она напоминает прилагательное «листый» или «листо́й», но в русском языке таких слов нет. Чтобы понять корень, нужно отбросить суффикс -кин, который указывает на принадлежность: чей? — Листойкин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Листойка.

Самая вероятная версия связывает фамилию с диалектным словом «лист» или «листок» — не в ботаническом смысле, а в значении «листок бумаги, документ». В северных и сибирских говорах «листойкой» могли называть грамотного человека, писаря, того, кто ведёт записи или переписывает бумаги. В крестьянской среде, где грамотность была редкостью, такое прозвище легко закреплялось за человеком при должности — сельским писарем, дьячком или приказчиком.

Менее распространённая версия — от прозвища Листой, данного человеку с бледной, «листовой» кожей или, наоборот, с кудрявыми волосами, напоминающими листву. Однако эта гипотеза слабее, потому что суффикс -к- в основе (Листой-ка) чаще образует имена от занятий или характерных действий, а не от внешности.

Суффикс -кин типичен для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ на -а, -я. По модели «Листойка → Листойкин» фамилия вписывается в ряд: Фомин (от Фома), Ильин (от Илья), но с нецерковной, бытовой основой. Географически фамилия встречается точечно — в основном в центральных и северных областях России, что косвенно подтверждает связь с грамотным сословием: именно в этих регионах были развиты сельские приходские и волостные школы.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) Листойкин не упоминается — это нетипичная, локальная фамилия, не попавшая в общерусский список. Поэтому её носители, скорее всего, ведут род из одной-двух деревень, где прозвище Листойка было в ходу среди местных писарей или церковных служителей.