Фамилия Литвиненко — одна из тех, где корень говорит о происхождении человека, а суффикс — о его принадлежности к определённой культурной среде. Основа здесь — прозвище Литвин. В старину так называли не только жителей Литвы, но и белорусов, которые до конца XVIII века входили в состав Великого княжества Литовского, а затем Речи Посполитой. То есть прозвище указывало скорее на подданство и регион, чем на этничность в современном смысле.

Суффикс -енко — типично украинский патронимический формант. Он означает «маленький», «сын» или «потомок». Соответственно, Литвиненко — это «сын Литвина» или «потомок того, кого прозвали Литвином». Такая модель образования фамилий была особенно распространена в Левобережной и Слободской Украине, в землях бывшего Гетманщины. Поэтому Литвиненко — фамилия украинская по форме, даже если её носители давно живут за пределами Украины.

Само прозвище Литвин было популярным в разных слоях общества. В «Ономастиконе» Степана Веселовского упоминается князь Семён Михайлович Литвин Мосальский (конец XV века). От него пошла ветвь Литвиновых-Мосальских — пример того, как прозвище постепенно закреплялось как родовое имя, а порой и вытесняло исходную фамилию. То есть уже в XV–XVI веках Литвин бытовало не только как бытовое прозвище, но и как официальное именование в документах.

Интересная деталь: у фамилии Литвиненко есть «родственники» с тем же корнем, но другими суффиксами — Литвинов, Литвинчук, Литвинцев, Литвинский. Если Литвиновы распространены по всей России и часто имеют русское дворянское происхождение, то Литвиненко — почти всегда маркер украинской genealogical линии. Встречается она преимущественно в центральных и восточных областях Украины, а также в южных регионах России, куда в XVIII–XIX веках переселялись украинские крестьяне и казаки.

Фамилия не редкая, но и не массовая — её носителей меньше, чем, скажем, Литвиновых. Это объясняется тем, что -енко-фамилии активнее формировались в среде казачества и крестьянства, тогда как московское боярство и дворянство предпочитало модель на -ов/-ев. Так что Литвиненко — фамилия, которая прямо говорит: предок этого человека был выходцем из земель, некогда связанных с Великим княжеством Литовским, и жил на территории, где украинский язык и патронимическая традиция были нормой.