Фамилия Лизакова — женская форма фамилии Лизаков, и разобрать её стоит с суффикса, который сразу выдаёт модель происхождения. Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую фамилию: её основа — мужское прозвище или имя Лизак, а фамилия отвечала на вопрос «чей?» — то есть сын или потомок Лизака.

Корень здесь — лиз-, который в русских говорах давал несколько значений. Самое прямое и напрашивающееся — от глагола «лизать». Прозвище Лизак могли дать человеку с привычкой облизываться, либо тому, кто работал с чем-то, что нужно лизать (например, на пасеке — лизать мёд с рук). Но есть и менее очевидный вариант: в некоторых диалектах «лизать» означало «льстить, угодничать», так что Лизаком могли прозвать подхалима или слащавого человека.

Спорная версия — происхождение от канонического имени Елисей через его уменьшительную форму Лизя. В пользу этого говорит то, что суффикс -ак часто образовывал прозвища от имён (как Иван → Иванак, Пётр → Петрак). Но в случае с Лизаковым такая цепочка (Елисей → Лизя → Лизак) менее убедительна, чем прямая связь с действием или чертой характера: прозвища от глаголов в русской ономастике встречаются чаще, чем двойное сокращение имён.

Географически фамилия Лизаков редкая, без явной привязки к одному региону. Встречается разрозненно — от южнорусских областей до Урала, что типично для прозвищных фамилий, которые не прикреплялись к конкретному сословию или территории. Среди однокоренных — Лизакин (с суффиксом -ин) и Лизанов (от более полной формы Лизун), но Лизаков стоит особняком именно из-за активного суффикса -ак, который в русских фамилиях встречается реже, чем -ов или -ин.