Фамилия Лизаркина — женская форма, а её мужской вариант — Лизаркин. В основе фамилии лежит имя или прозвище Лизарка. Словообразовательная модель простая: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Лизаркины — это потомки человека по имени Лизарка.

Самое правдоподобное объяснение: Лизарка — это народная, разговорная форма канонического имени Елизар (от древнееврейского Эли‘эзер — «Бог помог»). В русской деревне имя Елизар сокращали до Лизар, а ласкательный суффикс -к- давал форму Лизарка. Такое стяжение (отпадение начального «Е») — обычное дело: вспомните Лисавета от Елизавета или Лёха от Алексей. Фамилия Лизаркин могла появиться в среде крестьян или посадских людей, где полные церковные имена в быту почти не употреблялись, а в ходу были их упрощённые варианты.

Менее вероятная, но всё же возможная версия связывает фамилию с диалектным словом «лизарка» — так в некоторых говорах называли ящерицу. Прозвище Лизарка могли дать юркому, подвижному человеку. Однако эта гипотеза слабее: во-первых, слово «лизарка» в значении «ящерица» встречается редко и локально (в основном в западных говорах), во-вторых, фамилии от названий животных обычно образуются через суффикс -ов/-ев (Ящеров, Змеев), а не -ин. Так что имя Елизар остаётся главным источником.

Географически фамилия Лизаркина тяготеет к центральным и северным регионам России — в первую очередь к Вологодской, Архангельской и Костромской областям. Именно там имя Елизар в форме Лизар было особенно распространено в XVI–XVII веках. Среди однокоренных фамилий — Лизарев, Лизаров, Лизарёв. Встречается и вариант Лизаркин с ударением на второй слог, что характерно для вологодских говоров. Никаких исторических персоналий с этой фамилией в открытых источниках не зафиксировано, но это не делает её менее показательной: Лизаркины — типичный пример русской фамилии из обихода, а не из документов.