Фамилия Лохтюкова — женская форма, в основе которой лежит мужская фамилия Лохтюков. Это достаточно редкая русская фамилия, образование которой сразу бросается в глаза: суффикс -юк- (в варианте -юков) указывает на западнорусское или украинско-белорусское происхождение. В отличие от типичных великорусских фамилий на -ов/-ев, образованных от полных форм имён, суффикс -юк в белорусской и украинской традиции часто означал «маленький», «сын такого-то» или просто носителя характерного признака. Таким образом, Лохтюков — это «сын Лохтя» или «человек из рода Лохтя».

Корень фамилии — «лохт-» — тёмный и неочевидный. Самое прямое и правдоподобное объяснение лежит в диалектной лексике. В северных и сибирских говорах «лохта» — это неглубокая яма, овраг, мочажина, топкое место. Человек, живший у такого оврага, мог получить прозвище Лохта, а его потомки — Лохтюковы. Такая топонимическая версия выглядит убедительнее всего, потому что фамилия встречается в районах, где такие слова были в ходу (например, в Архангельской, Вологодской областях, на Урале).

Менее вероятная, но возможная версия связывает корень с финно-угорскими языками субстрата Русского Севера. В карельском и вепсском есть слово «lahti» — залив, бухта. Русские переселенцы могли переделать его в «лохта», а затем в прозвище. В этом случае предок мог жить у залива или на берегу речной заводи.

Третья, самая слабая гипотеза — от глагола «лохтить» (рвать, драть, хватать), который встречается в некоторых говорах. Прозвище Лохтя тогда мог получить драчун или цепкий, хваткий человек, но эта версия не подкрепляется массовостью фамилии и её географией.

Фамилия не относится к дворянским или старым боярским родам. Скорее всего, это фамилия крестьянская или посадская, закрепившаяся в XVIII–XIX веках. Её редкость — главная особенность: Лохтюковых в России немного, и встретить их можно в основном на Русском Севере, в Кировской области и в Сибири, куда переселенцы уходили в поисках земли.