Фамилия Локота — редкий случай, когда географическое прозвище почти полностью вытеснило другие возможные объяснения. В основе лежит не имя и не профессия, а топоним: на карте России и Украины встречается несколько населённых пунктов с названием Локоть (например, Локоть в Брянской области или в Харьковской области). Житель такого села или выходец оттуда получал прозвище Локота — по модели, аналогичной фамилиям Ростов, Вологда или Тамбов. Суффикс -а превращает название места в прозвище, которое затем закрепилось как фамилия.

Менее вероятна, но не исключена связь с диалектным словом «локоть» в переносном значении. В русских говорах «локоть» могло означать изгиб реки, излучину — то есть опять же географический объект. В этом случае прозвище Локота давали человеку, жившему на повороте реки, на «локте». Однако отсутствие широкой фиксации такого прозвища в исторических документах делает эту версию слабее топонимической.

Фамилия зафиксирована преимущественно на юго-западе России и в восточных областях Украины — в зоне расселения, где встречаются соответствующие села. Это косвенно подтверждает, что фамилия образована от названия конкретного места, а не от бытового слова.

Суффикс -а в исходной форме (Локота, а не Локотов) указывает на незавершённый процесс фамилизации: в некоторых регионах, особенно в украинской и южнорусской традиции, прозвища на -а могли закрепляться без патронимического суффикса. В официальных документах такую форму часто русифицировали, добавляя -ов, но исходный вариант сохранился у части носителей. Таким образом, фамилия Локота — это короткий след на карте: предки, скорее всего, были крестьянами или казаками, переселившимися из села с названием Локоть.