Фамилия Лонкин образована от имени Лонка. Скорее всего, это уменьшительная форма одного из двух канонических имён: Евлампий (в переводе с греческого «благосветлый») или Емельян (от греческого «ласковый», «льстивый»). Имя Лонка звучит как просторечный, «домашний» вариант, характерный для крестьянской и мещанской среды, где полные церковные имена часто сокращали до неузнаваемости. Поэтому основатель рода Лонкиных, по всей вероятности, был человеком из простого сословия.

Фамилия построена по самой распространённой русской модели: к основе Лонк- добавили суффикс принадлежности -ин, который отвечает на вопрос «чей?» и указывает на родство. Лонкин буквально означает «сын Лонки» или «человек из семьи Лонки». Такая модель типична для фамилий, образованных от имён, оканчивающихся на -а или -я (как Пушкин, Ильин, Фомин).

С народным календарём связан день памяти Евлампия (23 октября). В народе говорили: «Если на Евлампия рог месяца показывает на полночь (север) — быть скорой зиме, снег ляжет на сухую землю. Если на полдень (юг) — не жди скорой зимы, будет грязь да слякоть до самой Казанской (4 ноября)». Святым покровителем Емельяна считается Емилиан Кизический, епископ и исповедник, посвятивший жизнь распространению христианства.

В написании фамилии есть одна особенность: она оканчивается на -ин, а не на -ов, что указывает на её происхождение от имени с конечным -а. Если бы основой было имя Лонк (мужского рода с нулевым окончанием), фамилия звучала бы как Лонков. Таким образом, именно форма Лонка закрепилась в качестве прозвища или обиходного имени предка.