Фамилия Лонкина образована от имени Лонка — уменьшительной формы сразу двух крестильных имён: Евлампий (с греческого «благосветлый») и Емельян (от греческого «ласковый», «льстивый»). Такая двойная основа — не редкость для фамилий на -ин: в быту разные полные имена могли давать одинаковые сокращения, и Лонка как раз тот случай.

Именины Евлампия приходятся на 23 октября. В народном календаре с этим днём связана примета: «Если на Евлампия рог месяца на полночь (север) — быть скорой зиме, снег ляжет на сухую землю. Если на полдень (юг) — не жди скоро зимы, будет грязь да слякоть до самой Казанской (4 ноября), осень снегом не умоется, в белый кафтан не нарядится». Святым покровителем Емельяна считается Емилиан Кизический, епископ и исповедник, посвятивший жизнь распространению христианства.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Лонкин буквально означает «сын Лонки» или «человек из семьи Лонки». По такой же модели образованы десятки русских фамилий от уменьшительных имён — Петин, Ванин, Сашин. Скорее всего, основатель рода Лонкиных был человеком из простого сословия: в крестьянской и мещанской среде уличные и домашние имена вроде Лонка закреплялись за семьёй ещё до официального закрепления фамилий в XVIII–XIX веках.

Фамилия Лонкина встречается реже своего мужского варианта Лонкин, что связано с грамматической формой: в женском роде фамилия склоняется по образцу прилагательных (Лонкиной, Лонкину), но исторически восходит к той же основе. География фамилии неширокая — основные следы ведут в центральные и северные области России, где уменьшительные формы на -ка были особенно распространены.