Фамилия Лонкины образована от имени собственного Лонка. В основе лежит уменьшительная форма одного из двух канонических имён: Евлампий (с греческого — «благосветлый») или Емильян (от греческого «ласковый», «льстивый»). Именины Евлампия приходятся на 23 октября (по старому стилю). С этим днём на Руси связывали приметы: «Если на Евлампия рог месяца на полночь (север) — быть скорой зиме, снег ляжет на сухую землю. Если на полдень (юг) — не жди скоро зимы, будет грязь да слякоть до самой Казанской (4 ноября), осень снегом не умоется, в белый кафтан не нарядится». Святой покровитель Емельяна — Емилиан Кизический, епископ и исповедник, посвятивший жизнь распространению христианской веры.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Лонкин буквально означало «сын Лонки» или «человек из семьи Лонки». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён или прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. Скорее всего, основатель рода Лонкиных был человеком простого сословия — крестьянином или ремесленником, поскольку уменьшительные имена в качестве основы фамилии чаще встречались именно в этой среде.

Точное место и время возникновения фамилии Лонкин установить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, с XV по XVII век, и шёл неравномерно в разных регионах. Однако сама фамилия — памятник славянской письменности и культуры, сохранивший в себе живую народную форму имени, которая почти исчезла из повседневного обихода.