Фамилия Лонькин образована от прозвища Лонька. Скорее всего, в его основе лежит наречие «лони», которое в северо-восточных говорах имеет значение «в прошедшем году». Скорее всего, Лонькой прозвали того, кто очень часто в своей речи употреблял это слово. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Лонька, со временем получил фамилию Лонькин.