Фамилия Лопатько образована по одной из самых распространённых в украинской и белорусской ономастике моделей: с помощью суффикса -ко. Этот суффикс в восточнославянских фамилиях указывал на принадлежность или родство: Лопатько — буквально «сын Лопатки», «потомок человека по прозвищу Лопатка». В основе лежит то же слово, что и в русской фамилии Лопаткин.

Прозвище Лопатка, от которого всё пошло, связывали с ручным инструментом — лопатой. Самый прямой вариант: так могли назвать землекопа, огородника или человека, чья работа была связана с лопатой. Однако есть и другая версия: в древнерусской традиции существовали нецерковные имена, образованные от названий предметов. Имя Лопатка могло быть дано ребёнку как оберег или просто по народному обычаю, без прямой связи с профессией. Такая практика хорошо известна: скажем, имя Топор дало фамилию Топоров.

Подтверждение тому, что прозвища и имена с корнем «лопат-» были в ходу, находим у историка С. Б. Веселовского. В его работе «Ономастикон» упоминаются: Никита Прокофьевич Лопата Хитрово (1562 год), а также Юрий и Михаил Матвеевичи Лопатины — помещики, зафиксированные в Москве около 1550 года. Известен и князь Дмитрий Петрович Лопата Пожарский (умер в 1641 году). В Вязьме в 1625 году жил посадский человек Мокий Лопаткин. Эти примеры показывают, что прозвище Лопатка (и его варианты) бытовало в разных слоях общества — от крестьян до князей.

Со временем прозвище закреплялось за потомками, вытесняя первоначальное крестильное имя, и в итоге превратилось в наследственную фамилию. Именно так, через суффикс -ко, фамилия Лопатько и вошла в обиход.