Фамилия Лопатенко образована от прозвища Лопата, которое восходит к названию известного инструмента. Такие прозвища часто давали ремесленникам или крестьянам, чья работа была связана с лопатой: хлебопашцу, землекопу, печнику или даже строителю. Однако не стоит думать, что прозвище всегда указывало на профессию. В старину на Руси были распространены «инструментальные» имена — Топор, Молот, Ковш, — которые давали по внешнему сходству или особенности характера. Человек с широкими плечами или большой ладонью вполне мог получить прозвище Лопата без всякой связи с ремеслом.

Фамилия образована с помощью украинского суффикса -енко, который в XVI–XVII веках был характерен для Поднепровья и Левобережной Украины. Первоначально Лопатенко — это «сын Лопаты» или «маленький Лопата». Такая модель фамилий стала доминирующей в казацкой среде, поэтому можно предполагать, что предок носителя фамилии происходил из запорожских или слободских земель.

В исторических документах встречаются родственные именования. Среди них — Никита Прокофьевич Лопата Хитрово (1562 год), Юрий и Михаил Матвеевичи Лопатины (помещики, 1550 год, Москва), князь Дмитрий Петрович Лопата Пожарский (умер в 1641 году), а также Лопаткин Мокий (посадский человек, 1625 год, Вязьма). Эти примеры показывают, что прозвище Лопата бытовало в самых разных слоях общества — от князей до посадских людей.

Интересно, что фамилия Лопатенко встречается преимущественно в восточных регионах Украины и в южных областях России, что подтверждает её связь с исторической Слобожанщиной. В отличие от более распространённой фамилии Лопатин (с русским суффиксом -ин), форма на -енко указывает на украинское происхождение. Если Лопатины чаще встречаются в средней полосе России, то Лопатенко — типичная фамилия для Черниговщины, Полтавщины и соседних регионов.