Фамилия Лопунова — женская форма от Лопунов, а та образована от прозвища Лопун. В основе прозвища лежит слово «лопа». В «Толковом словаре живого великорусского языка» В. И. Даля «лопа» — это усечённая форма от «лопать», то есть верхняя одежда. Отсюда первая, самая прямая версия: Лопуном называли человека, который любил хорошо и богато одеваться, щеголял нарядами. Прозвище могло закрепиться за зажиточным человеком, не жалевшим денег на гардероб.

Но есть и вторая ветвь толкования, связанная с ремеслом. Раз уж в основе «одежда», то Лопуном могли прозвать и портного — мастера, который эту одежду шил. Такие «профессиональные» прозвища в русских фамилиях встречаются сплошь и рядом, так что эта версия ничуть не слабее первой.

Реже встречается гипотеза, возводящая прозвище к слову «лопань» — колодец на болоте или топи. Якобы Лопуном могли называть человека, занятого в колодезном деле. Однако эта версия сомнительна: в таком случае фамилия, скорее всего, звучала бы как Лопанев, а не Лопунов. В русской ономастике суффикс -ун чаще указывает на носителя устойчивого признака или действия, а не на объект промысла.

Сама фамилия Лопунов, а значит и Лопунова, строится по простой и распространённой модели: прозвище на -ун плюс типичный русский суффикс принадлежности -ов. Такие фамилии фиксировались в основном в северных и центральных губерниях России, где прозвищная традиция держалась дольше. Встречаются однокоренные варианты — Лопатин, Лопин, Лопатников, но Лопунов стоит особняком из-за редкого суффикса -ун, который придаёт прозвищу оттенок активного или характерного действия (ср. говорун, шатун, летун). То есть Лопун — это не просто «тот, кто носит лопу», а скорее «тот, кто любит лопу», кто постоянно при одежде, кто щеголяет.